Caro Antartide, provo a dirti come farei anche se non sono un professionista.
Punto primo, non è possibile eliminare perfettamente la vista dei fori, puoi cercare di......maschrarli un po'.
Un vecchio rimedio consiste nell'inserire nel buchetto uno stucco colorato in maniera che sia compatibile con il colore generale del fondo del mobile.
Trattandosi di un mobile del 900 potresti anche tentare con una semplice mistura di gesso di bologna e colla (anche vinilica visto che il mobile non è di gran pregio).
Fai delle prove aggiungendo pigmenti adeguati per ottenre il colore che ti occorre; tieni presente che quando asciuga lo stucco ....schiarisce nei toni, quindi fai delle prove a parte(annotandoti le dosi degli ingredienti e le proporzioni tra queste) , comparale con il fondo e se non ti soddisfa riprovi fino a quando non ottieni il risultato voluto.
Un ultimo consiglio, sui fondi scuri, e nel tuo caso probabilmente il fondo oro è da considerarsi tale, è sempre preferibile un po' più scuro che un po' più chiaro, si nota di meno.
Adesso però aspetta anche i cosigli dei grandi del forum, se difformi dal mio non avere dubbi, segui  quello che ti dicono loro.

Concordo, ma userei uno stucco a base di gesso già pronto perchè è più facile da asportare, magari anche solo con una spugnetta umida (così eviti di carteggiare).

Perchè non con barrette di  stucco di cera? Più semplice, veloce e non hai problemi di patina...
carlo